Повний курс фонофорезу, як правило, включає в себе 8-12 процедур, що проводяться щодня або через день. Перерва між курсами досягає 3-5 місяців. Помітний ефект від фонофорез досягається через вже 5-6 процедур, стійкий – після проходження повного курсу з 15 процедур.